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ⓘ Cytoscape は代謝経路網の可視化や遺伝子発現プロフィールと関連データの統合などに用いられるオープンソースのバイオインフォマティクスソフトウェアプラットフォームであ ..




Cytoscape
                                     

ⓘ Cytoscape

Cytoscape は代謝経路網の可視化や遺伝子発現プロフィールと関連データの統合などに用いられるオープンソースのバイオインフォマティクスソフトウェアプラットフォームである。 プラグインにより機能が追加でき、ネットワークや分子プロファイリング分析、レイアウトの変更、新規ファイル形式のサポートや外部ネットワークへの検索が利用可能になる。 プラグインはコミュニティにより開発されており、利用者のコミュニティへの参加や新規プラグインの開発が奨励されている。 Ver3.0以降については、モジュール化、拡張性、保守性を重視した開発が続けられている。

                                     

1. 活用分野

一般的には生物学研究用途に利用されているが、 他にもソーシャル・ネットワーク・サービスなどでノードとエッジによるネットワークグラフ可視化分析にも使用できる。 ソフトウェアアーキテクチャの重要な側面は特殊なプラグインを使用することにあり、プラグインは運営者とより大きなユーザーコミュニティによって開発されている。

                                     
  • 生化学的ネットワークの描画やシミュレーションのためのプラットフォーム E - Cell Project - 細胞のシミュレーションやモデリングを行うシステム Cytoscape - 大規模ネットワークの可視化 分析のためのプラットフォーム 日本語サイト GoMiner - 遺伝子オントロジー GO を用いた実験データの分析
  • I - Scover 電子情報通信学会 I - Scover SPARQL API 電子情報通信学会 I - Scoverひろば 電子情報通信学会 I - Scoverユーザ会 Facebook I - Scover: 電子情報通信学会の文献検索システム Knowledge Connector on LinkData.org Cytoscape
  • Pajek - Windows用ネットワーク解析ソフト igraph - グラフ関連のアルゴリズムが実装されたパッケージ Rでの実装もある Cytoscape - マルチプラットフォーム対応のネットワーク可視化 解析ソフト LGPLで配布されている 日本語サイト 右田 今野 2011, p
  • P53遺伝子周辺のタンパク質間相互作用 IntActのデータを元に Cytoscape で可視化 辺の色は 実験手法の違いを表す