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ⓘ 数理生物学 ..




                                               

Cytoscape

Cytoscape は代謝経路網の可視化や遺伝子発現プロフィールと関連データの統合などに用いられるオープンソースのバイオインフォマティクスソフトウェアプラットフォームである。 プラグインにより機能が追加でき、ネットワークや分子プロファイリング分析、レイアウトの変更、新規ファイル形式のサポートや外部ネットワークへの検索が利用可能になる。 プラグインはコミュニティにより開発されており、利用者のコミュニティへの参加や新規プラグインの開発が奨励されている。 Ver3.0以降については、モジュール化、拡張性、保守性を重視した開発が続けられている。

                                               

Folding@home

Folding home (フォールディング・アット・ホーム、FAH、F hとも呼ばれる)は、タンパク質の動的なふるまいをシミュレートすることで、科学者が様々な疾患に対する新しい治療法を開発できるよう支援することを目的とした分散コンピューティングプロジェクトである。 これにはタンパク質のフォールディングやタンパク質の動きのプロセスが含まれており、ボランティアのパソコン上で実行される分子動力学シミュレーションに依存している。2000年10月1日にビジェイ・S・パンデ教授の指揮のもと、スタンフォード大学で発足した。2019年以降は、ワシントン大学セントルイス校医学部に拠点を置き、パンデ教授の元教え子であるグレッグ・ボーマン博 ...

                                               

Folding@homeコアのリスト

Folding homeの分散コンピューティングプロジェクトは、FahCoresまたはCoreと呼ばれる科学的なコンピュータプログラムを使用して計算を実行する。Folding homeのコアは、 TINKER, GROMACS, AMBER, CPMD, SHARPEN, ProtoMol, Desmond などの計算用分子シミュレーションプログラムの修正・最適化されたバージョンに基づいている。これらの種類には、それぞれ任意の識別子が与えられている。同じコアを様々なバージョンのクライアントで使用することができるが、コアをクライアントから分離することで、クライアントの更新なしに必要に応じて科学的手法を自動的に更新することができる。

                                               

SEIRモデル

SEIRモデル (エスイーアイアールモデル)は、感染症流行の数理モデルである。 モデルは 感染症に対して免疫を持たない者 S usceptible 感染症から回復し免疫を獲得した者 R ecovered 感染症が潜伏期間中の者 E xposed 発症者 I nfectious から構成され、その頭文字をとってSEIRモデルと呼ばれる。 類似のモデルに潜伏期間を考慮しないSIRモデル、免疫獲得を考慮しないSISモデル、母体免疫派生を考慮したMSIRモデルなどが存在する。

                                               

生命とは何か

『 生命とは何か 』(せいめいとはなにか、原題: What is life? )は、1944年に物理学者エルヴィン・シュレーディンガーによって刊行された著作である。副題は『物理的に見た生細胞』とされている。

                                               

内的自然増加率

内的自然増加率 (ないてきしぜんぞうかりつ)とは、個体群生態学において、その生物が潜在的にもっている最大の繁殖増加率。英語では intrinsic rate of natural increase や intrinsic natural growth rate 、単に intrinsic growth rate 、あるいは biotic potential とも呼ばれる。

                                               

マルサスモデル

マルサスモデル (英語: Malthusian model )とは、ある生物の個体数ないしは個体群サイズの指数関数的な増加あるいは減少を記述する数理モデル。1798年にトマス・ロバート・マルサスが発表した『人口論』でこの考えが示されたことにその名を由来する。広義には、『人口論』でマルサスが主張した人口原理に基づく、人口と経済の相互関係モデルも含める。

                                               

ロジスティック方程式

ロジスティック方程式 (ロジスティックほうていしき、英語:logistic equation)は、生物の個体数の変化の様子を表す数理モデルの一種である。ある単一種の生物が一定環境内で増殖するようなときに、その生物の個体数(個体群サイズ)の変動を予測できる。人間の場合でいえば、人口の変動を表すモデルである。 1838年にベルギーの数学者ピエール=フランソワ・フェルフルスト(Pierre-François Verhulst)によって、ロジスティック方程式は最初に発案された。フェルフルストは、1798年に発表されて大きな反響を呼んだトマス・ロバート・マルサスの『人口論』の不自然な点を解消するために、このモデルを考案した。マルサスは『人口論』で、 ...

                                               

ロトカ・ヴォルテラの競争方程式

ロトカ・ヴォルテラの競争方程式 (ロトカ・ヴォルテラのきょうそうほうていしき)は、競争関係にある生物の個体数の変動を表す数理モデルの一種である。2つの種AとBが食料や生息場所などを巡って競争するとき、種Aの存在は、種Bの繁殖を阻害する。種Aにとっても、種Bの存在は繁殖を邪魔する。このような、お互いの存在がそれぞれの個体数増殖に相互にマイナスの影響を与える点を含め、2種の個体数の時間変化を表したモデルがロトカ・ヴォルテラの競争方程式である。 名称はアルフレッド・ロトカとヴィト・ヴォルテラに由来する。競争方程式以外に 競争式 や 競争系 、 競争モデル 、単に ロトカ・ヴォルテラ方程式 などとも呼ばれる。英語で ...